In niederschlagsreichen Perioden halten die Stauanlagen das Wasser zurück. Sie schützen die Bevölkerung und die Ortschaften vor Hochwasser. In Trockenzeiten wird an den meisten Stauanlagen im Rahmen der sogenannten Niedrigwasseraufhöhung mehr Wasser aus den Stauanlagen an die Bäche und Flüsse abgegeben, als ihnen natürlicherweise in dieser Phase zufließt.
Eine besonders dynamische Steuerung zur Niedrigwasseraufhöhung erfolgt an der Talsperre Leibis/Lichte und an den beiden Stauanlagen in Tambach-Dietharz.
Die Talsperre staut im Hauptzufluss das Wasser der Lichte und der Schlage. In Niedrigwassersituationen gewährleistet die Talsperre eine Mindestwasserführung von 100 Litern in der Sekunde in der Lichte unterhalb der Talsperre. Darüber hinaus erfolgt eine dynamische Abgabesteuerung nach ökologischen Betriebsregeln. Mit diesen Maßnahmen werden mögliche negative Einflüsse der Talsperre auf das natürliche Abflussgeschehen sowie auf die Flora und Fauna in der Schwarza minimiert.
Die Talsperre Schmalwasser staut das Wasser der Schmalwasser. Die beiden Zuläufe des Mittelwassers und der Apfelstädt werden in der Talsperre Tambach-Dietharz gestaut. Beide Talsperren sind über den Mittelwasserstollen miteinander verbunden und werden im Verbund bewirtschaftet. In niederschlagsreichen Perioden staut die Anlage das Wasser und schützt die unterliegende Region. Sind die natürlichen Zuflüsse zu den beiden Stauanlagen in Summe kleiner als 200 Liter pro Sekunde, sind mindestens 50 Liter pro Sekunde an den Unterlauf der Talsperre Schmalwasser und 150 Liter pro Sekunde an den Unterlauf der Talsperre Tambach-Dietharz abzugeben. In den vergangenen trockenen Sommern zeigte sich, dass im weiteren Verlauf die Apfelstädt mit extremer Trockenheit zu kämpfen hatte. Zur Minderung der Trockenheit haben die TFW, das Landratsamt Gotha und das Thüringer Landesamt für Umwelt, Bergbau und Naturschutz (TLUBN) eine fünfjährige Vereinbarung getroffen. Darin sind eine geänderte Talsperrensteuerung und ein begleitendes umfangreiches Monitoring entlang der Apfelstädt geregelt.
Fünfjähriger Probebetrieb
Als wesentliches Element wurde für die Zeit von September 2022 bis Oktober 2027 ein geändertes Talsperrenmanagement genehmigt, um in den Wintermonaten mehr Wasser einstauen zu können und dann im Zeitraum vom Mai bis Oktober bei ausbleibenden Zuflüssen den Fluss zu stützen. Maßgebend ist hier der Pegel Georgenthal 1. Für den Pegel wird als Startwert ein Zielwert von 400 Liter pro Sekunde angesetzt. Die zusätzliche Niedrigwasseraufhöhung setzt ein, wenn an sieben oder mehr Tagen der Pegel unter dem Zielwert liegt. Die Vereinbarung sieht vor, dass am Teilerwehr Georgenthal die gesamte zusätzliche Wassermenge der Apfelstädt zuzuschlagen ist.
Im Rahmen der geänderten Talsperrensteuerung wird mit jährlich rund 1,6 Mio. Kubikmeter zusätzlich zur Verfügung stehenden Mengen für die Niedrigwasseraufhöhung ausgegangen. Ist diese Wassermenge ausgeschöpft, kann eine zusätzliche Abgabe nur realisiert werden, wenn die folgenden Mindeststauinhalte der Talsperre Schmalwasser erreicht oder überschritten sind:
| Mai | Juni | Juli | August | September | Oktober | November | Dezember | |
| Mio. m³ | 15,5 | 15,0 | 14,5 | 14,0 | 13,5 | 13,0 | 12,5 | 12,0 |
Um die Versinkungsstellen zwischen Hohenkirchen und Wandersleben und die Interaktion zwischen Oberflächen- und Grundwasser zu erforschen, erfolgt parallel zu der veränderten Talsperrensteuerung in den fünf Jahren ein Monitoring mit umfangreichen Messungen und Datenauswertung entlang des Flussverlaufs.
Begleitet wird der Probebetrieb von einem Begleitausschuss, in dem die handelnden Institutionen TFW, dem TLUBN, dem Landratsamt Gotha und dem Umweltministerium und die Bürgermeister der Anrainergemeinden, die Bürgerinitiative „Lebensraum Apfelstädt“ sowie der Landesanglerverband Thüringen e. V. vertreten sind.